2004年

2004年9月8日 ，在第8届中国投资贸易洽谈会上，APM码头公司代表苏恩深与厦门港务控股有限公司代表曾英国签署共同建设嵩屿集装箱码头的合资合同。

2005年

嵩屿集装箱码头位于进入厦门港航道的交叉口处，在厦门所有集装箱码头之中最靠近主航道，码头于2004年底开始施工建设。

2007年

2007年4月20日 ，嵩屿集装箱码头试投产。码头涉及吞吐量180万标箱，具备同时作业3艘15万标箱以上的大型集装箱船舶的能力，可为国内外各船公司体提供一流的集装箱作业服务嵩屿集装箱码头正式投产
2007年9月6日 ，嵩屿集装箱码头正式投产，董事长郑永恩主持投产仪式，时任国务院副总理吴仪女士出席了庆典。

2008年

2008年6月，两台新双四十尺桥吊到位，至此，嵩屿集装箱码头已拥有10台超巴拿马桥吊。
2008年8月， 引入SCS体系（安全符合性体系：Safety Conformance System）, 在公司范围内制定HSE政策（健康安全环保政策），通过加强公司的安全参与度和安全实际可操作性，保持不同阶段对安全的持续整改，从而提高码头的安全文化水平和安全生产能力。

2009年

2009年10月， 开展Play to win项目，通过进行零库存管理，吊具改造等项目进行生产技术改造及流程改进，共同达成减低生产经营成本的目标。 

2010年

2010年5月， 成立流程优化部（简称PEX，即Process Excellence）。 该部门运用精益管理（ LEAN ）和六西格玛（ SIX SIGMA）原理，通过成立专项小组，对特定作业流程进行分析和改造，旨在提高码头生产运营效益。截止2010年年底完成了提高进出闸效率、降低堆场翻箱率等8个项目，为码头带来效益100万元人民币。

2010年12月， 厦门海沧保税港区封关运作，由嵩屿码头、国际货柜码头、海润码头及仓储物流园区、厦门出口加工区等五个部分组成，将带动厦门的保税物流产业和临港加工业，提升港口国际竞争力。

2011年

2011年7月， 配合马士基航运在码头共同成立TPP（Terminal Partnering Project）小组，通过数据收集及测量，与船公司共同协作，降低了30%的船舶在港时间。

2012年

2012年3月，APM码头厦门公司将其在嵩屿码头持有的50%股权减至25%， 转由厦门国际港务股份有限公司持有。公司股东所持股比调整为：厦门港务控股有限公司50%，APM码头厦门公司25%，厦门国际港务股份有限公司25%。

2013年

2013年10月15日，3E船舶马士基迈克凯尼穆勒轮首次靠泊。自此，厦门嵩屿集装箱码头成为国内少数有能力接靠20万吨级集装箱船舶的码头

2015年

2015年全年，嵩屿集装箱码头外贸作业年吞吐量首次突破100万标箱，实现历史性跨越，取得了良好的经济效益和社会效益。

2016年

2016年9月19日，嵩屿港区正式获批在限定条件下可同时减载靠泊两艘20万吨级集装箱船舶。嵩屿集装箱码头是福建省唯一可同时靠泊两艘20万吨级集装箱船舶的码头。

2020年

2020年4月21日，通过嵩屿一期工程1#-3#泊位减载靠泊修订后20万吨级集装箱船舶靠泊能力论证和通航安全论证，嵩屿集装箱码头实现2.3万标准箱的超大型集装箱船舶常态化靠泊作业。